bioRxiv에 v2로 올라온 Origin-1은 구조 선례가 없는 ‘zero-prior’ epitope에 대해 de novo therapeutic antibody를 설계하는 generative AI 플랫폼임. Absci 소속 교신저자 논문으로, epitope-conditioned all-atom structure generation, paired CDR sequence design, co-folding 기반 scoring을 결합했다고 제시함. 저자들은 10개 target 평가에서 4개 target에 대해 developable·specific antibody를 확인하고, IL36RA에 대해서는 기능적 inhibition과 affinity maturation 결과를 보고함.
요약
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‘zero-prior’ epitope는 해당 target에서 보고된 antibody-antigen 또는 protein-protein complex 구조가 없는 표적 부위를 뜻하며, 기존 구조 template에 기대기 어려운 설계 조건으로 정의됨.
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Origin-1 파이프라인은 epitope-conditioned all-atom 구조 생성, paired heavy/light chain CDR sequence design, specialized co-folding scoring으로 high-confidence binder 후보를 고르는 구조임.
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평가 panel은 알려진 protein-protein complex와의 sequence identity가 60% 이하이고 사용 가능한 complex 구조가 없는 10개 target으로 구성됐다고 보고함.
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저자들은 target당 100회 미만의 design attempt 안에서 COL6A3, AZGP1, CHI3L2, IL36RA 4개 target에 대한 developable·specific antibody를 biophysical/developability assay로 검증했다고 제시함.
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Cryo-EM은 설계 모델과 가까운 complex 구조를 3.0–3.3 Å resolution, 0.83–0.91 DockQ 범위로 확인했다고 보고하며, 이는 de novo 항체 설계에서 구조 정확도 검증까지 포함한 사례로 의미가 있음.
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IL36RA binder는 AI-guided affinity maturation을 거쳐 sub-nanomolar affinity와 top EC50 12.3 nM의 functional antagonist를 만들었다고 보고함.
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결과는 company-linked preprint의 저자 보고값이므로 독립 재현과 더 넓은 target class 검증이 필요하지만, antibody discovery가 known complex template 의존에서 더 어려운 epitope-first 설계로 이동하는 흐름을 보여줌.
메모
bioRxiv preprint이며 교신저자 소속이 Absci Corporation임. 성능 수치와 개발 가능성 평가는 저자 보고값으로 해석 필요.