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metilene 사용법

Documentation

Quick Start - metilene
Download the user guide here. metilene is available as pre-compiled versions for 32/64-bit linux, or as source code to be built from source. It runs on a normal desktop machine and supports multi-threading. However, the underlying algorithms are efficient enough to run only single-threaded, if needed.
https://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/Start/

Installation

Downloads - metilene
You can download the latest version of metilene here. Download the user guide here and the publication is here. metilene v0.2-8 New option added to select Benjamini-Hochberg (FDR) as method for multiple testing correction of p-values. New option added to set maximum segment length in case of memory issues.
https://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/Downloads/
wget http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/metilene_v02-8.tar.gz && tar xvf metilene_v02-8.tar.gz
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Run

metilene_v0.2-8/metilene_linux64 로 precompiled binary 실행할 수 있다.
metilene_v0.2-8/metilene_linux64 -a group1 -b group2 [INPUT] > [OUTPUT]
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Input 준비

툴을 사용하기 위해서 input 파일을 형식에 맞추어 준비해야 한다.
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Header가 필요함. (chrom / start / end / [group 이름]_[샘플 이름] / [group 이름]_[샘플 이름] / ... )
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1번째 컬럼은 chromosome
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2번째 컬럼은 position. (column 이름은 상관 없음)
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3번째 컬럼을 end로 해도 상관 없음. 어차피 group 이름을 prefix로 갖는 샘플만 뽑아내기 때문에.
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나머지 컬럼들은 각 샘플의 methylation level들.
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샘플 이름은 그룹 이름을 prefix로 가지고, underscore로 사이를 이어주는 형식으로 지정해줘야 함.
chr <tab> pos <tab> g1_xxx <tab> g1_xxx <tab> [...] <tab> g2_xxx <tab> g2_xxx <tab> [...]
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bedtools unionbedg 를 쏠쏠히 사용할 수 있다.

unionbedg - bedtools 2.30.0 documentation
bedtools unionbedg combines multiple BEDGRAPH files into a single file such that one can directly compare coverage (and other text-values such as genotypes) across multiple sample Usage: -header Print a header line, consisting of chrom, start, end followed by the names of each input BEDGRAPH file.
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/unionbedg.html
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Input은 BED4 형식이어야 함. 아니면 에러 뜸
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Output