Version 1.0.1 기준.
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pysradb metadb 커맨드가 사라지고 모두 SRAweb 을 이용한다.
Installation
conda install -c bioconda pysradb
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Quickstart
Fetch metadata with SRP ID
# Save manifest file as comma-separated values.
pysradb metadata --db OUTPUT_DIRECTORY/SRAmetadb.sqlite SRP012345 \
--assay --desc --detailed --expand --saveto manifest.csv &&
sed -i 's/\t/,/g' manifest.csv
Shell
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Python API
from pysradb.sraweb import SRAweb
db = SRAweb()
Python
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