들어가며
AlphaFold와 RosettaFold 이후, 단백질 구조 예측을 넘어 생성으로
RFDiffusion 방법론 톺아보기
Diffusion 생성의 원리
단백질 구조 예측 모델을 diffusion 모델로 탈바꿈시키기
주요 실험 결과
이제 RFDiffusion 논문에서 선보이는 결과들을 하나하나 살펴보도록 합시다. 이 결과들의 분석 방법들은 RFDiffusion을 비롯한 다양한 in silico 단백질 설계 연구에서 널리 사용되는 방법들이 되어 왔으므로, 꼼꼼히 이해하고 넘어간다면, 다른 연구들의 결과를 이해하는 데에 큰 도움이 될 겁니다.
1. Unconditional monomer generation 성능
가장 첫 결과로 저자들은 RFDiffusion의 monomer generation 성능을 보여줍니다. 여기서 unconditional이란, 뒤이어 소개될 다양한 생성조건들(symmetry, motif-scaffolding 등) 없이 단순히 단백질의 길이 조건 하나만 부여하는 생성 세팅을 의미합니다.
여기서 잠깐, unconditional monomer generation의 성능이란 과연 무엇이며, 어떻게 계산할 수 있을까요? 해당 생성의 주요 목적과 당시 분야 연구의 진척 상황을 생각해보면,