DenovAI의 AlphaDesign 연구가 Molecular Systems Biology에 발표되며, de novo protein design platform의 실험 검증 사례로 소개됨. AlphaDesign은 generative model과 optimization을 결합해 template이나 evolutionary data 없이 synthetic protein의 structure와 sequence를 함께 설계하는 framework임. 기사에서는 bacterial retron defense system을 겨냥한 synthetic protein inhibitor에서 in vivo 기능 검증 결과가 제시됨.
요약
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DenovAI는 de novo protein design 기반 biologics discovery platform을 개발하는 이스라엘의 AI biotech으로, therapeutic antibody, miniprotein binder, programmable biologics 설계를 주요 방향으로 제시함.
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AlphaDesign은 EMBL의 Michael Jendrusch, Jan Korbel, Kashif Sadiq 등이 공동 개발한 de novo protein design framework로 소개됨. DenovAI는 EMBLEM을 통해 이 기술을 license-in했다고 밝힘.
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Framework는 generative model과 optimization approach를 결합해 synthetic protein의 structure와 sequence를 함께 설계함. Starting template molecule, evolutionary data, 추가 model training 없이 특정 기능을 가진 novel protein을 만들 수 있다고 설명됨.
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연구는 computational hit 보고에 그치지 않고, 설계된 protein이 living system에서 biological function을 보이는지 검증했다는 점을 강조함.
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실험 사례는 bacterial retron defense system을 표적으로 한 synthetic protein inhibitor 설계임. Retron은 phage infection에 대응하는 bacterial immune mechanism으로, therapeutic phage application을 방해할 수 있는 표적으로 설명됨.
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상위 88개 design 중 17개가 in vivo에서 functional inhibitor로 확인됐다고 보고됨. 기사 기준으로는 복잡하고 이전에 충분히 characterise되지 않은 bacterial immune system에 대해 AI-designed protein이 기능을 보인 사례로 제시됨.