Quickstart
design_out = makeDesign(design, prop)
fitted_model = fitModel(design_out, Y_raw)
fitted_model$all_coefs # List all phenotyep names
fitted_model$all_cell_types # List all cell type names
res_table = csTest(fitted_model, coef='age',
cell_type='Neuron', contrast_matrix=NULL)
R
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아래 정보를 알 때 cell-type specific DE 분석을 수행한다.
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Cell type proportion
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Expression
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데이터 준비
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Y_raw gene (probe) x sample matrix (꼭 matrix 혹은 SummarizedExperiment 여야 한다)
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prop sample x cell_type matrix
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design 실험 조건 저장된 dataframe