PSI-BLAST
Installation
conda install -c bioconda blast
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Quickstart
1.
Fasta 파일을 준비. PSI-BLAST query를 날릴 DB로 활용함.
wget https://proteininformationresource.org/rps/data/current/55/rp-seqs-55.fasta.gz
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혹은
rp-seqs-55 blast DB를 그대로 받음
wget --recursive --no-parent https://proteininformationresource.org/rps/data/rp_seq_blast_db/current/55/
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2.
-out_ascii_pssm 옵션을 주면 테이블 형태로 PSSM을 얻을 수 있다.
psiblast -db [DB_NAME] -query [QUERY_FASTA_NAME] \
-save_pssm_after_last_round \
-out_ascii_pssm [PSSM_FILE_NAME] \
-num_iterations 3 \
-num_threads 8
Python
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