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이도훈

인공지능에 기반한 생명의 이해가 어떻게 질병의 진단과 치료에 기여할 수 있을지 끊임없이 고민하는 연구자, 데이터 과학자입니다. 의료 데이터, 유전체, 단백질, 나아가 단백질-약물 상호작용을 인공지능으로 이해하는 일에 관심이 많습니다.
새롭고 더 나은 무언가를 받아들이는 것을 무척 좋아하고, Kaggle, DACON, DREAM Challenge 등의 경진대회에 참여하여 처음 만나는 데이터를 다루며 성장하는 것을 즐깁니다. 사람들과 함께한다면 더욱 좋습니다.
dohlee.bioinfo@gmail.com

Academic CV

Dohoon_Lee_CV.pdf
698.4KB

Skills

 Python, Rust, R, C++, C
 Pandas, Numpy, PyTorch, scikit-learn, Matplotlib
 Workflow management (snakemake)

Links

Personal website (Academic) https://dohlee.github.io/

News

2023
•
히스톤 코드 - 유전자 발현 관계 모델링 AI 연구가 BRIC 한빛사 논문에 선정되었습니다. 인터뷰
•
코딩전문역량인증 (PCCP) Python Lv.5 를 취득하였습니다. (1000점 / 1000점) 후기
2022
•
히스톤 코드 - 유전자 발현 관계 모델링 AI 연구가 저널에 게재되었습니다. 논문 YouTube
◦
Lee D, Yang J, Kim S. Learning the histone codes with large genomic windows and three-dimensional chromatin interactions using transformer, Nature Communications
•
국제 AI 경진대회 드림 챌린지에서 준우승했습니다. 자세히
◦
프로모터 서열 - 유전자 발현 관계 모델링 AI
2021
•
박사 학위를 취득했습니다.
◦
서울대학교, 생물정보학 협동과정
•
생명과학과 AI의 융합 연구에 관한 리뷰 논문이 저널에 게재되었습니다. 자세히
◦
Lee D, Kim S. Knowledge-guided artificial intelligence technologies for decoding complex multiomics interactions in cells. Clinical and Experimental Pediatrics
•
DACON Samsung AI Challenge for Scientific Discovery 경진대회에서 5위 (상위 3%)를 차지했습니다. 자세히 솔루션 Github
◦
분자의 3차원 구조 기반 S1-T1 energy gap 예측 AI 경진대회
•
국제 생물정보 알고리즘 경진대회 Bioinformatics Contest에서 34위를 차지했습니다. 자세히
◦
전 세계 약 4000명 참가
2020
•
제 1회 율촌 AI for All 펠로우십에 선정되었습니다. 자세히
2019
•
Kaggle 경진대회에서 상위 5%로 Silver medal을 획득했습니다. 자세히
◦
세포 이미지 분류 AI 경진대회
•
Kaggle 경진대회에서 상위 4%로 Silver medal을 획득했습니다. 자세히
◦
당뇨병성 망막증 이미지 분류 AI 경진대회
•
국제 생물정보 알고리즘 경진대회 Bioinformatics Contest에서 21위를 차지했습니다. 자세히
◦
전 세계 3329명 참가
2018
•
국제 생물정보 알고리즘 경진대회 Bioinformatics Contest에서 21위를 차지했습니다. 자세히
◦
전 세계 약 3000명 참가
2017
•
학사 학위를 취득했습니다.
◦
서울대학교, (주) 생명과학 (부) 컴퓨터공학, summa cum laude

읽고 정리한 논문들

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논문 리뷰
AlphaFold2 논문 리뷰
2023/03/13 14:46
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Tranception 논문 리뷰
2023/02/26 13:12
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The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K 리뷰
2023/02/24 06:52
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New Modalities for Challenging Targets in Drug Discovery 논문 리뷰
2023/03/15 01:26
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Towards a better understanding of reverse-complement equivariance for deep learning models in regulatory genomics 논문 리뷰
2023/03/15 01:28
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Manifold Mixup: Better Representations by Interpolating Hidden States 논문 리뷰
2023/03/15 01:29
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Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates 논문 리뷰
2023/03/22 12:02
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강의와 강연

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강의와 강연
인공지능을 활용한 멀티오믹스 기반 바이오마커 발굴 (Lectures on ai-driven drug discovery, 2022)
Profile HMM (2021 봄학기, 서울대학교 Machine Learning in bioinformatics 강의)
생물정보학자의 알고리즘, 기계학습 그리고 인공지능 (3Billion 사내 세미나, 2022)
Cracking the codes of gene regulation through transformers (서울대 AI 여름학교, 2022)
PRISM: Methylation Pattern-based, Reference-free Inference of Subclonal Makeup (ISMB/ECCB, 스위스 바젤, 2019)
트랜스포머 인공지능 모델을 활용한 히스톤 코드의 해독 (BRIC webinar, 2023)

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그날그날 배운 것들

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PDB ID만 가지고 빠르게 PDB 파일 얻기
2023/08/22 06:28
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Kabsch alignment algorithm in Python
2023/06/22 01:16
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biotite.structure 사용법
2023/05/10 08:49
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H2O AutoML 사용법
2023/04/27 13:44
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mljar-supervised 사용법
2023/04/27 12:13
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[프로그래머스] 2023년 4월 PCCP 시험 후기 (Python Lv.5)
2023/04/16 13:18
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단백질 구조 데이터 획득을 위한 PISCES 서버 사용법
2023/03/31 01:10
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ML/AI 모델 학습을 위한 리눅스 및 콘다 환경 설정
2023/03/24 16:30
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huggingface BertForMaskedLM fine-tuning 하기
2023/03/24 00:51
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OAS: Observed Antibody Space 데이터베이스
2023/03/23 09:01
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Peptide bond를 이루는 원자들의 ideal bond length and angles 탐구 및 코드 구현
2023/03/23 04:25
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Optuna 사용법
2023/03/16 01:49
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우피 구글 서치 콘솔 사이트맵 [가져올 수 없음] 오류 해결
2023/03/13 14:31
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[GitHub] SSH key 이용해서 git push 하도록 재설정하기
2023/03/08 08:14
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Linux bioawk 사용법
2023/03/03 04:18
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Linux commandline 작업에서 실시간 progress 확인하기
2023/03/03 02:25
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BioPandas로 PDB 파일 파싱하는 법
2023/03/03 02:13
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Linux SED 사용법
2023/03/03 01:56
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PyTorch에서 register_buffer를 써야하는 이유
2023/02/28 07:39
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PyTorch에서 LinearAnnealingScheduler 구현하기
2023/02/28 01:56
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cross_val_score에서 custom scoring function 사용하기
2023/02/25 07:07
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Depthwise convolution이란?
2023/02/24 07:52
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Jupyter에서 pandas dataframe 배경색 입히기
2023/02/23 06:27
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einops-tricks
2023/02/15 07:37
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enformer-pytorch 코드 리뷰
2023/02/11 13:47
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Cancer discovery 저널 submission
2023/02/10 00:55
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SRA 데이터 업로드 방법
2023/02/10 00:12
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PDB ID를 가지고 PDB에서 정보 받아오기
2023/02/08 05:10
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임상 논문 Table 1 만드는 법
2023/02/06 01:29
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conda + mamba update
2022/12/21 23:56
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Figure 그리는 팁
2022/12/02 02:27
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Rosetta ddg_monomer 사용법
2022/12/01 00:00
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Rosetta cartesian_ddg
2022/11/27 13:16
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NAMD 사용법
2022/11/23 14:11
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GEO 데이터 업로드 방법
2022/10/24 08:51
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[BIOINFO 2022] John Quackenbush 교수님 기조강연
2022/10/20 01:17
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Preprint citation 방법
2022/10/12 01:32
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Endnote에 reference 스타일 설치하기
2022/10/12 00:13
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Word 수식에 번호 달기
2022/10/11 08:44
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hhblits 사용법
2022/09/28 00:49
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PSI-BLAST로 PSSM 얻기
2022/09/27 08:04
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BED tricks
2022/09/20 00:15
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PointNet++에 대하여
2022/09/05 00:21
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Hi-C data processing
2022/06/07 14:21
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TOAST 사용법
2022/05/09 12:34
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Relative positional encoding
2022/05/04 08:43
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Illumina P5, P7 sequence
2022/03/10 00:19
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github actions 사용법
2022/02/22 14:10
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methylumi 사용하여 IDAT 파일 → beta value 변환하기
2022/01/18 05:13
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2022/01/18 05:13
IntervalTree 써서 pandas로 표현된 BED 파일 annotation하기
2022/01/18 00:45
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2022/01/18 00:45
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